日本民族的起源，可以从体质结构和日本语的起源两方面来考察。日本民族是日本文明的主体，也是日本文明的创造者。然而，这里所说的“民族”，既不同于人类学中的“人种”概念，也不同于民族学中狭义的“民族”概念，而是较为宽泛的概念。因而，这里所说的“日本民族”，也包括日本的少数民族阿伊努族。
关于日本民族的起源，或日本人的起源问题，学界至今仍聚讼不决。从体质结构来看，诸种见解大致可分三类：（一）“人种更替说”，认为在日本列岛曾发生一次乃至两次人种更替。如在19世纪80年代，解剖学家小金井良精认为，在绳纹时代生活于日本列岛的原住民是阿伊努人，绳纹时代后他们被大陆来的其他人种驱赶往北方。（二）“混血说”，认为“原日本人”（旧石器时代的日本人）在绳纹时代之后，与大陆或南洋诸岛移居来的其他人种混血，逐渐形成现代日本人。医学家清野谦次首先提出“混血说”，直至20世纪30年代，仍为学界主流。（三）“演变说”（或称“连续说”），认为绳纹时代的日本人，由于生活方式的变化，其体质逐渐演变，成为弥生时代人、古坟时代人乃至现代日本人。它更为重视人种的继承性，即不赞同“人种更替说”，也不大重视混血对日本民族构成的影响。二战后，东京大学人类学研究室的长谷部言人和铃木尚教授持此说，至今对学界仍有影响。
从个时代日本人的体质结构来看，属于蒙古利亚人种是毫无疑义的。考古学已证明在10万年乃至20万年以前（即旧石器时代早期或中期），便有人群在日本列岛生息。但是，由于尚无这一时期的人类骨化石的发现，因而无从了解其体质特征。目前，在日本列岛发现的最早的人骨化石是1957年在丰桥市牛川町发现的“牛川人”，约生活于旧石器时代，具有“古人”（尼安德特人）的特征。
除“牛川人”外，在日本发现的旧石器时代人骨化石，如“三日人”、“浜北人”、“港川人”、“圣岳人”，其生活时代均不超过3万年前，已进入“新人”阶段。它们的体质特征是身材较矮。例如，在冲绳岛发现的“港川人”，距今约18000年，男身高约155厘米，女性约144厘米。与中国大陆发现的旧石器时代后期的人骨化石相比较，较之华北地区的身材较高的“山顶洞人”，他们更类似于在中国广西发现的身材较矮的“柳江人”。可以认为，在冰河时期海面较低而出现陆桥时，“古蒙古利亚人”（广泛分布于东南亚）之一部，从中国大陆南部移居到冲绳和西日本，形成了上述的“原日本人”。他们便是绳纹时代日本人的母体。

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